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该丛刊共包括了190本，它提供了丰富的有关台湾史的研究资料，文献史料价值极高。它收录了宋、元、明、清以及日本非法占领时期的台湾文史资料，计309种，595册，近五千万字。《台湾文献史料丛刊》内容涵盖台湾历史、地理、风俗、民情、政治、经济、文化、法制等各个方面，有台湾方志、明郑史料、南明史籍、清代著述、大内秘档、私家篆集，等等。其资料来源，除台湾各大图书馆所珍藏外，日本、美国、英国、荷兰等国相关的史料亦收录其中，稿本、抄本、原刊、翻刻、官藏、私庋……海纳百川而成其浩瀚无涯！
全书分为九辑：第一辑24种，1-20册，为方志专号之一；第二辑32种，21-40册，为方志专号之二；第三辑26种，41-60册，为明清关系史料特辑；第四辑30种，61-80册，为清代关系史料特辑；第五辑29种，81-100册，为南明史料专辑之一；第六辑48种，101-120册，为南明史料专辑之二，明郑史料专辑；第七辑，43种，121-145册，为清代关系史料专辑；第八辑43种，146-165册，为诗文专辑；第九辑34种，166-190册，为清代关系史料别辑。
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